패스 오브 엑자일에는 패시브나 스킬, 아이템 외에도 플레이어에게 보너스 효과를 부여하는 '판테온'이 있다. 판테온은 6장에서 만나는 NPC 씬(Sin)을 통해 해금된다. 6~9장까지 퀘스트를 진행하며 만나는 12명의 신을 쓰러뜨리고 그들의 능력을 선택할 수 있다.

판테온은 주요 신 4명과 보조 신 8명으로 이뤄져 있다. 해당하는 신을 처치하면 능력이 활성화된다. 12명의 모든 능력을 사용할 순 없으며, 플레이어는 주요 신과 보조 신의 권능을 각각 1개씩만 선택할 수 있다.

NPC 씬에게 말을 걸거나 Y 키를 누르면 판테온의 권능을 확인할 수 있다. 현재 자신이 선택하고 있는 신의 능력이 마음에 들지 않는다면 마을이나 은신처 같은 휴식 지역에서 별도의 재화 소모 없이 자유롭게 바꿀 수 있다.

획득한 판테온의 권능을 강화할 수도 있다. 10장을 완료하면 해금되는 아틀라스 지도에서 특정 보스 몬스터를 처치해 영혼을 수확한 뒤 씬(Sin)에게 갖다 주면 된다. 예를 들어 주요 신 가운데 하나인 염수왕의 영혼을 강화하려면 아틀라스 지도에서 '해변 지도'로 이동해 보스 몬스터를 쓰러뜨려야 한다.

이때 단순히 몬스터를 처치하는 것만으로는 영혼을 수확할 수 없다. 지도 장치에 해변 지도와 '성스러운 시험관'을 함께 넣고 활성화해야 한다. 성스러운 시험관은 랜덤으로 몬스터가 드랍하며, 비싼 편은 아니므로 유저간 거래를 통해서도 구입할 수 있다. 보스 몬스터를 쓰러뜨리고 다시 지도 장치로 돌아오면 시험관에 영혼이 수확된 것을 확인할 수 있다.

판테온 강화는 기존 능력에 새로운 효과가 추가되는 형식으로, 주요 신은 최대 3번, 보조 신은 1번까지 강화할 수 있다. 어떤 맵에서 보스 몬스터를 처치해야 하는지는 아틀라스 지도에서도 별도 표시를 통해 확인할 수 있다.